『LightWindow』でいろいろ試して、pdfの表示に成功しました。

【LightWindow v2.0】

HTML

<script type="text/javascript" src="javascript/prototype.js"></script>
<script type="text/javascript" src="javascript/scriptaculous.js?load=effects"></script>
<script type="text/javascript" src="javascript/lightwindow.js"></script>
<link rel="stylesheet" href="css/lightwindow.css" type="text/css" media="screen" />

<div><a href="images/(表示したいswf).swf" class="lightwindow page-options" params="lightwindow_width=1280,lightwindow_height=960" title="(タイトル)"><img src="images/(サムネイル画像).png"></a></div>

swfはiPhoneで開けないのでfancyboxをいじってみる。

↓

【fancybox】

HTML

<!-- Add jQuery library -->
<script type="text/javascript" src="js/jquery-1.10.1.min.js"></script>

<!-- Add mousewheel plugin (this is optional) -->
<script type="text/javascript" src="js/jquery.mousewheel-3.0.6.pack.js"></script>

<!-- Add fancyBox main JS and CSS files -->
<script type="text/javascript" src="js/jquery.fancybox.js?v=2.1.5"></script>
<link rel="stylesheet" type="text/css" href="js/jquery.fancybox.css?v=2.1.5" media="screen" />

<!-- Add Button helper (this is optional) -->
<link rel="stylesheet" type="text/css" href="js/helpers/jquery.fancybox-buttons.css?v=1.0.5" />
<script type="text/javascript" src="js/helpers/jquery.fancybox-buttons.js?v=1.0.5"></script>

<!-- Add Thumbnail helper (this is optional) -->
<link rel="stylesheet" type="text/css" href="js/helpers/jquery.fancybox-thumbs.css?v=1.0.7" />
<script type="text/javascript" src="js/helpers/jquery.fancybox-thumbs.js?v=1.0.7"></script>

<!-- Add Media helper (this is optional) -->
<script type="text/javascript" src="js/helpers/jquery.fancybox-media.js?v=1.0.6"></script>

<script type="text/javascript" src="js/run.js"></script>
<script type="text/javascript">
  $(document).ready(function($){
    $('a[href$=".jpg"] , a[href$=".gif"] , a[href$=".png"], .fancybox').fancybox();
    $('a[href$=".pdf"]').fancybox({
      autoSize: true,
      type:'iframe',
      iframe: {
        preload: false
      }
    });
  });
</script>

<div><a href="images/(表示したいpdf).pdf" class="open_pdf"><img src="images/(サムネイル画像).png" alt="(タイトル)"></a></div>

pdfはうまく開けましたがJoomlaと干渉してダメでした。

↓

【LightWindow v2.0】

HTML

<script type="text/javascript" src="javascript/prototype.js"></script>
<script type="text/javascript" src="javascript/scriptaculous.js?load=effects"></script>
<script type="text/javascript" src="javascript/lightwindow.js"></script>
<link rel="stylesheet" href="css/lightwindow.css" type="text/css" media="screen" />
<div><a href="images/bracelet.pdf" class="lightwindow page-options" params="lightwindow_width=824,lightwindow_height=824,lightwindow_type=external" title="天然石ブレスレット"><img src="images/bracelet.png"></a></div>

params="lightwindow_type=external"を追加することでpdfのまま表示できました。